Mái kính toàn cảnh hai mảnh của Škoda Karoq được điều khiển bằng điện. Để đảm bảo không gian nội thất luôn dễ chịu, mái kính được làm từ kính màu giúp giảm lượng ánh sáng và nhiệt truyền vào khoang xe. Bên cạnh đó, tấm chắn gió có thể được kéo ra nhằm giảm tiếng ồn và hạn chế luồng gió thổi trực tiếp vào bên trong, qua đó mang lại sự thoải mái tối đa cho hành khách.